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Isseroda befindet sich zwischen den Thüringer Städten Erfurt und Weimar südlich an der viel befahrenen Bundesstraße 7 und nördlich der Bundesautobahn 4. Die Gemarkung des Ortsteils liegt am Südrand des Thüringer Beckens, aber noch auf fruchtbaren Ackerböden. Südlich begrenzen die Anhöhen und Wälder bei Eichelborn und Troistedt die Gemarkung.